（五）个体工商户的纳税评估指标设定存有一定的局限性
如果纳税人提供的信息数据质量不高，资料不全，相关信息不足，但被测算的指标在正常幅度内，就难以确定结果的真实性，实际上，评估对象的规模大小，企业产品类型等因素，都会产生较大影响；另外，单凭评估指标测算很难合理确定纳税申报的合法性和真实性，企业还受到所处的环境、面临的风险、资金流向等诸多因素的影响，纳税评估指标体系的局限性，制约着纳税评估工作的结果和开展方向，何况个体工商户还没有企业一样的财务指标，所以各地开展起来花式多样，没有一个标准化的纳税评估体系。
三、保本估税法在个体工商户纳税评估中的具体运用
（一）保本估税法的测算
对个体工商户的纳税评估应该评估的税种有：营业税、城市维护建设税、个人所得税、印花税、土地使用税、房产税。
1.营业税的测算
纳税人每月发生固定租金、人工工资、水电费用之和/(1－毛利率)，计算出保本营业收入，用营业收入乘以税率得出测算的应交营业税。
2.城市维护建设税的测算
纳税人每月发生的固定租金、人工工资、水电费用之和/(1－毛利率)，计算出保本销售收入，把销售收入换算成不含税的销售收入，用不含税的销售收入乘以增值税率得出测算的应交增值税。以应交增值税乘以城市维护建设税率得出应交城市维护建设税。同样可以计算出应交教育费附加。
3.个人所得税的测算
用保本估税法测算出保本营业（销售）收入，用营业（销售）收入乘以随征个人所得税税率得出测算的应交个人所得税。
4.印花税的测算
一般检查个体工商户签订的房屋、设备租赁、货物进销合同，以合同签订额乘以对应印花税率得出应缴印花税额，同时检查有关的证照是否帖花。
5. 房产税、土地使用税的测算
主要是检查房屋出租方出租房屋时是否已经缴纳了出租房屋的房产税、土地使用税，以出租房屋的合同乘以出租房产税税率得出应缴房产税；如果房产是个体工商户个人自用的，以使用房产的价值计算应缴房产税，同时以使用房产的土地面积计算土地使用税。
6.保本估税法的修正
保本估税法采用“三费”和“一率”对个体工商户进行纳税评估，经营业户每月发生的三费：固定租金、人工工资、水电费用相对稳定，每月发生的费用占其支付月固定费用支出的90%以上，具有普遍性，因此对一般性的个体工商户适用，但是，对于一些特殊的个体工商户，除了发生这三项费用以外，发生的一些比较固定的特殊费用也是很大，如连锁加盟店，每月发生的连锁加盟费用占固定费用的25%左右，如果按上述的“三费一率”方法不考虑该费用，评估的结果会产生巨大偏差，因此在使用“三费一率”估税方法时，对某项费用每月固定发生额占月固定费用达20%以上时，应在三项费用基础上加上该费用，变成“四费一率”，这是对“三费一率”估税办法的修正。
www.yf1234.com在评估个体工商户纳税情况时要注意二个问题：
一是不同行业的毛利率问题。不同行业有不同的行业毛利率，毛利率是地方政府经过相关部门调查定期制定颁布，相对固定，使用时要注意适用最新的规定；二是不同行业的个人所得税负担率问题。个体工商户适用的随征个人所得税率，不同地区、不同行业是不一样，是各地方税务部门根据不同情况定期调整，不是固定不变的。
（二）比较评估结果与核定定额的差异
通过保本估税法评估得出的结果，主要比较个体工商户原来已经双定的营业税、城市维护建设税、个人所得税三个税种，得出两者之间的差异，看原来核定的“双定税” 是否高了还是低了，通过评估发现应该缴纳的印花税、土地使用税、房产税是否已经缴纳，已经缴纳和实际缴纳的数额差异在那里，以此做出税收征管建议。
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税务局在纳税个体工商户中的运用分析工作计划